همان سال به دست عبد الرّحمان برادرزادهء امير محمّد اعظم به تصرف امير در آمد . در امارت دوم امير شير على ( 1868 - 1878 م . ) سردار محمّد اسحاق حاكم آقچه قيام كرد كه توسط نائب محمّد علم سركوب شد و سردار اسحاق به بخارا نزد عبد الرّحمان فرار كرد . بر اثر اين اغتشاش شهر متحمّل خساراتى شد . افغانستان در قرن نوزده / 182 - 187 . كستنكوكاپىتن ( 1291 ه . / 1291 م ) تنها فردى است كه از اين روزگار اطلاع جامع و مفيدى به دست مىدهد : « در ده فرسنگى شبرغان در راه بلخ ولايتى است خان‌نشين موسوم به آغچه ، و شهرى دارد كه آن را آغچه مىنامند . ديوارى و خندقى محيط اين شهر مىباشد و قلعه و ارگى دارد كه محل توقف خان است و تعداد ساكنين اين ولايت از 6000 الى 7000 نفر است . در سال 1285 ه . / 1868 م ، امير شير على خان ، امير افغانستان بر جميع ولايات خان‌نشين جزء كه اطراف يسار رود جيحون واقع است از قندوز گرفته تا سر پل مسلّط شد و آنها را هرطور كه بود ، محكوم خود كرد . » شرح آسياى مركزى / 35 . سردار اسحاق بار ديگر در سال 1305 ه . ق / 1888 م ، بر عليه ستمگرى امير عبد الرّحمان ( 1988 - 1901 ) به پا خاست و ادّعاى سلطنت كرد ؛ امّا تاب نياورده فرار كرد . در اثر اين اغتشاش و درگيريها بخشهاى شمال افغانستان - كه در اين روزگار به تركستان معروف بود - بويژه شهر آقچه چنان ويران شد كه از سكنه خالى گرديد . خاطرات عبد الرّحمان / 276 - 282 ؛ تاريخ سياسى افغانستان / 398 ؛ افغانستان در مسير تاريخ / 664 - 666 . عبد الرّحمان پس از فرو نشاندن اين اغتشاش ، قبايل پشتون را در مرز شمالى افغانستان اسكان داد و بدين گونه روابط اوزبكهاى شمال را با همنژادانشان در ماوراء النهر قطع كرد . ميمنه آقچه در سالهاى 17 - 1916 م ، با ورود مهاجران تركمن به دربار امير حبيب اللّه ( 1901 - 1919 م . ) مركز فعّاليتهاى نظامى و آزاديخواهى گرديد و شهر هم آهسته آهسته رو به آبادانى نهاد . افغانستان در نيمهء اوّل قرن بيست / 49 . در سال 1973 ، نوسازى و ايجاد شهرك جديدى در بخش جنوبى نهر آقچه آغاز گرديد و در اين شهرك بازار ، ادارات ، سازمانهاى دولتى ايجاد شد . آقچه امروز داراى 70 / 10 كيلومتر مربع مساحت و 55 روستا بوده و از جملهء بخشداريهاى بزرگ استان جوزجان شمرده مىشود . جغرافياى شهرى در افغانستان / 132 ؛ شناسنامهء افغانستان / 54 .